顺酐装置在生产过程中以及回收富马酸的过程会排放出一定的工艺废水，此外，顺酐在废气处理过程中亦会产生部分喷淋洗涤水。顺酐在水中会发生快速水解，以顺酸的形式存在废水中，其排放废水主要成分为顺丁烯二酸、富马酸、乙酸、丙烯酸、正丁烷、邻苯二甲酸二丁酯/邻苯二甲酸二异丁酯（DBP/DIBE）等，导致废水成分复杂，有机物浓度高，pH值呈强酸性，处理难度大。

顺酐废水的主要处理难点在于作为主要溶剂的DBP/DIBE带有苯环，且水中含有微量的二甲苯，苯系物可生化性均较差，且带有一定的生物毒性，对微生物抑制作用明显。同时，顺酐废水高浓度的COD对微生物亦具有较强的抑制作用。

顺酐废水呈强酸性亦是处理的难点之一，强酸会对设备材料造成腐蚀，若直接采用碱液去中和消耗量又巨大，投加过量的碱后，废水盐度上升，生化效率下降，废水经中和后，生化碱度过高，导致设备结晶结构，出水pH过高。